Kitabxana 1972-ci ildə Az.SSR EA-nın Mərkəzi Elmi Kitabxanasının filialı kimi Naxçıvan Elm Mərkəzinin nəzdində ilk fəaliyyətinə başlamış, daha sonra ümummilli lider Heydər Əliyevin 2002-ci il avqust tarixli sərəncamı ilə yaradılan AMEA Naxçıvan Bölməsinin tərkibində öz fəaliyyətini davam etdirməkdədir.  

     Kitabxanada iki kitab fondu,dövrü və referativ jurnal fondları, kitab və dövrü mətbuat zalları, müvəqqəti mühafizə fondu ,kataloq və kitabişləmə , məlumat-biblioqrafiya xidmətləri fəaliyyət göstərir. Kitabxanada fəaliyyət göstərən fondlar universal xarakterli olub elmi-texniki, ictimai-siyasi, ədəbi-bədii ədəbiyyatlarla komplektləşdirilmişdir.

    Kitabxana fondlarını əks etdirən bütün çap məhsulları kataloq-kartoteka sistemi vasitəsilə oxuculara xidmət göstərir. Fondların komplektləşdirilməsi Azərbaycan Respublikasının prezidenti İlham Əliyevin müvafiq sərəncamı ilə nəşr olunan latın qrafikalı kitabların, müxtəlif alim və mütəxəssislər tərəfindən hədiyyə olunmuş kitabların və pul köçürmə yolu ilə alınan ədəbiyyatların hesabına həyata keçirilir. Kitabxanada xarici ədəbiyyat şöbəsi fəaliyyət göstərir ki, burada Qərbi Avropa və Şərq dillərində ədəbiyyatlar sistemləşdirilir. Kitabxanada informasiya-biblioqrafiya xidməti mühüm rol oynayır. Bu xidmət işində bir çox kartotekalardan istifadə olunur ki, onların arasında ümummilli lider Heydər Əliyevin həyatı və çoxcəhətli siyasi fəaliyyətini əks etdirən kartoteka xüsusi əhəmiyyət daşıyır.